يسعى مركز النيل للخدمات البيئية والعلمية إلى تحقيق الأهداف التالية :

·  إجراء الدراسات والأبحاث العلمية البيئية بهدف تقييم مصادر التلوث المختلفة والمخاطر والكوارث البيئية وتأثيرها على البيئة وتقديم المساعدة والتعريف بالمشكلة وإيجاد الحلول للحماية والحفاظ على الموارد الطبيعية وتنمية المجتمع .

· تقديم الاستشارات الخاصة بتقليل المخلفات الصناعية للحد الادني و استرجاع الموارد.

· إجراء مختلف الدراسات اللازمة لحماية البيئة من النفايات الكيميائية و الإشعاعية.

· الإشراف على جمع ونقل وتدوير كافة المخلفات الصلبة.

· إعداد الدراسات و البحوث الخاصة بإعادة استخدام مياه الصرف الصحي و الصناعي في الأغراض الزراعية و الصناعية.

· تقديم دورات وورش عمل تدريبيه في كافة مجالات البيئة والسلامة والصحة المهنية بمقر المركز وكذلك بمقر المنشآت الصناعية والخدمية.

· تصميم وتنفيذ محطات معالجة الصرف الصناعي والتخلص الآمن للمخلفات الصناعية طبقا لقانون البيئة.

· إعداد سجلات السلامة والصحة المهنية  وإعداد السجل البيئي للمنشآت الصناعية.

· إجراء القياسات البيئية وقياس نسب التعرضات المختلفة في أجواء العمل وذلك طبقاً لقانون رقم 4 لسنة 1994.

·   تأهيل الشركات للحصول على شهادات الجودة والايزو.